萬石植物園萃集了廈門大小八景的“天界曉鐘”、“高讀琴洞”、“萬石鎖云”、“中巖玉笏”、“太平石笑”諸景點，且有百十余處摩巖石刻。

園內依次安排了松杉園、玫瑰園、棕櫚園、蔭棚、引種植物區、藥用植物園、大型仙人掌園、百花廳、蘭花圃等20多個專類園和種植區，栽培了3000多種熱帶、亞熱帶植物，其中有被人稱為“活化石”的水杉、銀杏。有世界三大觀賞樹－－中國金錢松、日本金松、南洋杉，以及名貴的仙人掌等奇花異木。

這里有民族英雄鄭成功為完成抗清復臺大業，用計誘殺盤踞廈門的鄭聯，奪取了兵權的“鎖云”石，有鄭成功讀書處和他的軍中營寨；有唐代開廈始祖陳黯讀書著述的石室、釣磯，有南宋幼主路過廈門時掬飲泉水的“圣泉”等古跡。這里還有肇始于1982年，完成于1988年的全國著名書法家沙孟海、費新我、賴少其、劉海粟、虞愚，廈門書法家羅丹、澳門的梁披云、日本的雪山等400多幅墨寶崖刻，形成了一處新的碑林，使萬石山增添了新的文化內涵。

植物園，有規模地引種非洲、美洲、澳洲和東南亞諸國的熱帶、亞熱帶植物5000多種，建成20多個專類園區，形成以“科學內容、公園外貌”為特征，“園林藝術、園藝技術”相融合的科技與藝術、自然與人工相結合的園林式植物園。享有“植物王國”或“植物博物館”的美譽。故此廈門萬石植物園也成為廈門城區的一片吐故納新的肺葉,不懈地改善城區的生態環境,為城市綠化服務。